Делал оба варианта в разное время — и шаблон, и индивидуальный дизайн. Могу сказать, что разница ощущается не столько в визуале, сколько в том, насколько интерфейс заточен именно под твою аудиторию и логику покупки. В шаблоне часто бывают компромиссы — что-то не совсем удобно, что-то лишнее, что-то не хватает. С индивидуальной разработкой ты получаешь именно то, что нужно, без костылей. Но если бюджет ограничен — лучше сделать нормальный шаблонный магазин, чем никакой или плохой уникальный. Если интересует нормальный подход к разработке без лишних трат — посмотри варианты здесь: создание сайтов, там есть разные форматы под разные задачи и бюджеты.